台南神學院

1876年，巴克禮將打狗、府城的傳道師養成班合併，成立大學，為今台南神學院的前身。學校收藏巴克禮從16歲寫到87歲，向上帝立志的獻身文真跡，牧師娘在婚後也一起簽名。校園內留存1880年代建造的巴牧師故居台階遺蹟，仍可見到門前讓輪椅進出的斜坡。還有1903年建造的市定古蹟巴克禮本館、1976年劉聰輝老師的巴克禮銅雕胸像，讓人緬懷紀念。

 

台灣教會公報社

1885年，巴克禮將馬雅各醫師捐贈的台灣第一部活版印刷機Albion Press組裝起來，以教會羅馬字發行台灣第一份報紙：《台灣府城教會報》，為今《台灣教會公報》的前身。現在可於台南門市體驗復刻版印刷機的樂趣。

 

台灣基督長老教會歷史檔案館

該館的前身為台灣教會歷史資料館，1950-1990年代座落於台南神學院內的巴克禮故居，之後遷到長榮中學與校史館並存，2019年由神學院提供土地、總會興建，成為長老教會的研究典藏單位。館內的巴克禮長袍、新舊約聖經、問道理紀錄等相關珍貴文物，已獲選為「台灣世界記憶國家名錄」。

 

台南市私立長榮高級中學

成立於1885年，為台灣第一所中學（Tiong- h），首任校長是巴克禮。創立之初，係為神學院的先修教育，之後在日本時代漸漸轉成一般中學，現在則是一所完全中學和綜合高中，設有校史館、台灣文物館、化石館、貝類館、礦石館、蝴蝶館及林茂生紀念館等博物館群。

 

東門巴克禮紀念教會

1903年成立，1921年從太平境教會的支會升格為堂會，1926年獻堂，1931年為紀念巴克禮牧師娘，修築伊莉莎白禮拜堂。2003年設教百週年時，東門教會冠上巴克禮之名做紀念，並與醫院、神學院、中學及中會事務所，形成別具一格的基督教宣教特區，見證歷史發展。

 

太平境馬雅各紀念教會

會史可從1865年算起，1954年改建成為現今的歐式教堂。巴克禮有一段時間是太平境的小會議長，生病期間，還不斷關心會友，令人感懷，最後巴克禮的告別式也在此舉行。

 

台南市基督教公墓

1935年巴克禮因腦溢血病逝，享年87歲。起初葬於北區的三分子基督教公墓，後於1943年因日人實施都市更新計畫，而遷葬於南山公墓一帶的基督教公墓。教界不定期舉行紀念禮拜，追念宣教師行誼。

 

日軍營地會談之歷史場域

1895年日軍進逼台南，即將砲擊府城，守軍聞訊棄逃。巴克禮、宋忠堅冒著危險，接受台南紳商懇求，代為遞交請願書狀。他們在二層行庄遇見日軍先鋒，之後巴克禮被帶往河對岸太爺庄的蘇應元大厝，面見乃木希典將軍，請其和平進城，避免一場流血災難。

 

巴克禮紀念公園

位於台南市東區，成立於2004年。起初是一片垃圾堆，後由財團法人台南企業文化藝術基金會推動、東門巴克禮紀念教會關心，以及當地鄰里居民自發清掃，才成為美麗的自然生態公園，紀念巴克禮在1895年代表市民向日軍遞交和平請願書的貢獻。